Une seule goutte d’eau de l’océan grouille d’une vie microscopique mais il a toujours été extrêmement difficile d’en isoler une seule espèce et de séquencer son génome.
Des chercheurs annoncent avoir développé un moyen de retrouver un seul génome d’un échantillon métagénomique de nombreux organismes. Vaughn Iverson et ses collègues ont recueilli les eaux de surface du Puget Sound dans l’État de Washington qui contenaient des millions de micro-organismes et isolé dans celles-ci un organisme précis, l’Euryarchaeota marin du groupe II. Ce phylum assez énigmatique d’Archées n’avait jamais été cultivé et le matériel de son génome ne représentait que 1,7 pour cent du métagénome de l’échantillon. Pourtant, Iverson et ses collègues ont réussi à rassembler toutes les pièces d’un génome presque complet d’ l’Euryarchaeota à partir des petits fragments isolés dans l’eau de Puget Sound. Ces organismes semblent motiles et ont échangé de nombreux gènes avec des bactéries. Selon les chercheurs, le nouveau génome offre aussi quelques indices sur l’origine de la protéorhodopsine, une molécule utilisée par certaines bactéries pour récupérer l’énergie de la lumière solaire. Iverson et ses collègues suggèrent que leur méthode d’isolement de génomes individuels à partir d’échantillons métagénomiques pourrait servir à identifier les rôles divers que jouent des microbes non cultivés dans nos environnements.
Source : Natasha Pinol – AAAS
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